در انديشه سياسي شيعه، از آغاز در خاستگاه حاكمان پس از پيامبر نوعي دوگانگي پديد آمد كه از واقعيت‌هاي تاريخي ناشي مي‌شد. شيعه خلفاي حاكم را كه تنها به آراي اكثريت امت اسلامي متكي بودند داراي مشروعيت الهي نمي‌دانست و معتقد بود خليفه مشروع پس از پيامبر از خلافت محروم است. لذا اين انديشه تقويت شد كه تا وقتي حكومت‌كنندگان بر اساس ضوابط و چارچوب‌هاي شرعي و ديني گزينش نشوند، هيچ حكومتي مشروعيت ندارد. بر اين اساس مي‌توان مشروعيت حكومت امام علي (ع) را از سه منبع و منشا دانست: منشا الهي، صلاحيت شخص حاكم و منشا مردمي كه از اين‌ بين منشا الهي و منشا شخصي با يكديگر رابطه پيوستگي و علت و معلولي دارند. بدين معني كه تا فردي داراي ويژگي‌هاي مطلوب و جامع‌الاطراف حكومت بر جامعه اسلامي نباشد خداوند او را براي اين مسووليت برنمي‌گزيند. به بيان ديگر حكومت در انديشه امام علي (ع) پيمان سه‌جانبه‌اي است بين خدا، حاكم و مردم كه بدون وجود هريك از آنها (يا عدم دارا بودن ويژگي‌هاي مورد‌نظر) مشروعيت حكومت با بحران جدي مواجه مي‌شود. يكي از مباحث عمده در نهج‌البلاغه اشاره موكد به منشا الهي حكومت و حق انحصاري خداوند بر حاكميت است؛ از اين رو هيچ انساني بالاصاله حق حاكميت ندارد مگر آنكه از جانب خدا حاكميت به او واگذار شده باشد. در خطبه شقشقيه، امام علي (ع) حاكميت را حق خويش مي‌داند كه از جانب خدا به ايشان تفويض شده و صراحتا مي‌فرمايد: «حق موروثي خود را ديدم كه به غارت رفته است.» حق موروثي در اينجا كنايه از وراثت معنوي و الهي است. از ديگر‌سو مطابق اعتقادات شيعه خداوند در چند مورد چه به نص و چه تعيين (واقعه غديرخم) امام را شايسته حاكميت بر جامعه اسلامي پس از پيامبر(ص) دانسته و اين حق را به وي تفويض كرده است. از ديدگاه حضرت، حكومت تنها حق كساني است كه از ويژگي‌ها و شايستگي‌هاي به دست آوردن آن برخوردار بوده و لذا كسي كه شايسته زمامداري نيست، نمي‌تواند و نبايد عهده‌دار حكومت شود ولو آنكه مردم نيز او را بپذيرند. روي ديگر سكه نيز آن است كه پذيرفتن حكومت در صورت فراهم بودن لوازم و زمينه‌هاي آن براي كسي كه شايستگي آن را دارد تكليف و وظيفه‌اي سنگين است كه البته شرط آن پذيرش عمومي از جانب مردم است و اين نقطه افتراق انديشه اسلامي و انديشه ليبرال است. از جمله در خطبه معروف شقشقيه در بيان فضايل خود مي‌فرمايد: «…جايگاه من نسبت به حكومت اسلامي، چون محور آسياب است به آسياب، كه دور آن حركت مي‌كند. او مي‌دانست كه سيل علوم از دامن كوهسار من جاري است و مرغان دورپرداز انديشه‌ها، به بلنداي ارزش من نتوانند پرواز كرد» (خطبه٣) . و در جاي ديگر مي‌فرمايد: «اي مردم! سزاوارترين شخص به خلافت آن كسي است كه در تحقق حكومت نيرومندتر و در آگاهي از فرمان خدا داناتر باشد، تا اگر آشوب‌گري به فتنه‌انگيزي برخيزد، به حق بازگردانده شود و اگر سر باز زد با او مبارزه شود.» (خطبه١٧٣) اما منشا الهي و فردي مشروعيت هردو شرط لازم برپايي حكومت ديني است و بدون وجود مقبوليت يا مشروعيت مردمي فاقد وجاهت و كفايت لازم است.به همين جهت است كه حضرت با آنكه پس از رحلت پيامبر از مشروعيت الهي و فردي برخوردار بوده‌اند اما به جهت عدم‌اقبال و روي‌آوري مردم و تحقق اراده مردمي، بيست وپنج سال خلافت را به ديگران واگذار كردند. منشا مردمي حكومت يعني صلاحيت مردم در جعل حاكميت براي حاكم و هيات حاكمه يا انتقال حاكميت از مشروعيت ذاتي به مقوله كارآمدي؛ به‌عبارتي مردم هم حاكميت را جعل و هم آن را كارآمد مي‌كنند.

امام روي آوردن مردم و اتمام حجت را چنين توصيف مي‌كنند: «مردم، همانند شتران تشنه‌اي كه به آب نزديك شده و ساربان رهاشان كرده و عقال (پاي‌بند) از آنها گرفته بر من هجوم آوردند و به يكديگر پهلو مي‌زدند، فشار مي‌آوردند، چنان كه گمان كردم مرا خواهند كشت يا بعضي به وسيله بعضي ديگر مي‌ميرند و پايمال مي‌گردند» (خطبه٥٤) و در جاي ديگر مي‌فرمايد«روز بيعت، فراواني مردم چون يال‌هاي پشت كفتار بود. از هر طرف مرا احاطه كردند تا آنكه نزديك بود حسن و حسين (ع) لگدمال گردند و رداي من از دو‌طرف پاره شد. مردم چون گله‌هاي انبوه گوسفند مرا در ميان گرفتند…. اگر حضور فراوان بيعت‌كنندگان نبود و ياران حجت را بر من تمام نمي‌كردند و اگر خداوند از علما عهد و پيمان نگرفته بود كه در برابر شكم‌بارگي ستمگران و گرسنگي مظلومان سكوت نكنند، مهار شتر خلافت را بر كوهان آن انداخته رهايش مي‌ساختم» (همان، خطبه ٣) از اين رفتار امام چنين استفاده مي شود كه كارآمدي نظام اسلامي حتي در صورت قرار گرفتن معصوم در رإس آن حكومت و نظام, تنها با مشروعيت الهي تحقق نمي‌يابد و محتاج مقبوليت مردمي نيز هست. حتي امام در مواردي به بيعت مردم با خويش به‌عنوان مبناي استدلال و برهان در مقابل مخالفان استناد كرده‌اند و در اولين نامه اي كه به معاويه نوشته، آمده است: مردمي كه با ابوبكر و عثمان بيعت كردند، به همان شكل نيز با من بيعت كرده‌اند. (نامه٦) يعني اگر دليل مشروعيت خلافت آنها راي مردم بوده است در مورد حكومت من هم چنين مبنايي وجود دارد و مخالفت با آن مخالفت با راي مردم است. در اين سخن نكته‌هاست براي آنان كه حكومت را بدون مردم و خواست و اراده و حمايت ايشان مشروع و محكم و استوار مي‌انگارند و براي خواست مردم-در نظر و عمل- محلي از اعراب قائل نيستند اگر كمي بينديشند.