در اندیشه سیاسی شیعه، از آغاز در خاستگاه حاکمان پس از پیامبر نوعی دوگانگی پدید آمد که از واقعیت‌های تاریخی ناشی می‌شد. شیعه خلفای حاکم را که تنها به آرای اکثریت امت اسلامی متکی بودند دارای مشروعیت الهی نمی‌دانست و معتقد بود خلیفه مشروع پس از پیامبر از خلافت محروم است. لذا این اندیشه تقویت شد که تا وقتی حکومت‌کنندگان بر اساس ضوابط و چارچوب‌های شرعی و دینی گزینش نشوند، هیچ حکومتی مشروعیت ندارد. بر این اساس می‌توان مشروعیت حکومت امام علی (ع) را از سه منبع و منشا دانست: منشا الهی، صلاحیت شخص حاکم و منشا مردمی که از این بین منشا الهی و منشا شخصی با یکدیگر رابطه پیوستگی و علت و معلولی دارند. بدین معنی که تا فردی دارای ویژگی‌های مطلوب و جامع‌الاطراف حکومت بر جامعه اسلامی نباشد خداوند او را برای این مسوولیت برنمی‌گزیند. به بیان دیگر حکومت در اندیشه امام علی (ع) پیمان سه‌جانبه‌ای است بین خدا، حاکم و مردم که بدون وجود هریک از آنها (یا عدم دارا بودن ویژگی‌های مورد‌نظر) مشروعیت حکومت با بحران جدی مواجه می‌شود. یکی از مباحث عمده در نهج‌البلاغه اشاره موکد به منشا الهی حکومت و حق انحصاری خداوند بر حاکمیت است؛ از این رو هیچ انسانی بالاصاله حق حاکمیت ندارد مگر آنکه از جانب خدا حاکمیت به او واگذار شده باشد. در خطبه شقشقیه، امام علی (ع) حاکمیت را حق خویش می‌داند که از جانب خدا به ایشان تفویض شده و صراحتا می‌فرماید: «حق موروثی خود را دیدم که به غارت رفته است.» حق موروثی در اینجا کنایه از وراثت معنوی و الهی است. از دیگر‌سو مطابق اعتقادات شیعه خداوند در چند مورد چه به نص و چه تعیین (واقعه غدیرخم) امام را شایسته حاکمیت بر جامعه اسلامی پس از پیامبر(ص) دانسته و این حق را به وی تفویض کرده است. از دیدگاه حضرت، حکومت تنها حق کسانی است که از ویژگی‌ها و شایستگی‌های به دست آوردن آن برخوردار بوده و لذا کسی که شایسته زمامداری نیست، نمی‌تواند و نباید عهده‌دار حکومت شود ولو آنکه مردم نیز او را بپذیرند. روی دیگر سکه نیز آن است که پذیرفتن حکومت در صورت فراهم بودن لوازم و زمینه‌های آن برای کسی که شایستگی آن را دارد تکلیف و وظیفه‌ای سنگین است که البته شرط آن پذیرش عمومی از جانب مردم است و این نقطه افتراق اندیشه اسلامی و اندیشه لیبرال است. از جمله در خطبه معروف شقشقیه در بیان فضایل خود می‌فرماید: «…جایگاه من نسبت به حکومت اسلامی، چون محور آسیاب است به آسیاب، که دور آن حرکت می‌کند. او می‌دانست که سیل علوم از دامن کوهسار من جاری است و مرغان دورپرداز اندیشه‌ها، به بلندای ارزش من نتوانند پرواز کرد» (خطبه٣) . و در جای دیگر می‌فرماید: «ای مردم! سزاوارترین شخص به خلافت آن کسی است که در تحقق حکومت نیرومندتر و در آگاهی از فرمان خدا داناتر باشد، تا اگر آشوب‌گری به فتنه‌انگیزی برخیزد، به حق بازگردانده شود و اگر سر باز زد با او مبارزه شود.» (خطبه١٧٣) اما منشا الهی و فردی مشروعیت هردو شرط لازم برپایی حکومت دینی است و بدون وجود مقبولیت یا مشروعیت مردمی فاقد وجاهت و کفایت لازم است.به همین جهت است که حضرت با آنکه پس از رحلت پیامبر از مشروعیت الهی و فردی برخوردار بوده‌اند اما به جهت عدم‌اقبال و روی‌آوری مردم و تحقق اراده مردمی، بیست وپنج سال خلافت را به دیگران واگذار کردند. منشا مردمی حکومت یعنی صلاحیت مردم در جعل حاکمیت برای حاکم و هیات حاکمه یا انتقال حاکمیت از مشروعیت ذاتی به مقوله کارآمدی؛ به‌عبارتی مردم هم حاکمیت را جعل و هم آن را کارآمد می‌کنند.
امام روی آوردن مردم و اتمام حجت را چنین توصیف می‌کنند: «مردم، همانند شتران تشنه‌ای که به آب نزدیک شده و ساربان رهاشان کرده و عقال (پای‌بند) از آنها گرفته بر من هجوم آوردند و به یکدیگر پهلو می‌زدند، فشار می‌آوردند، چنان که گمان کردم مرا خواهند کشت یا بعضی به وسیله بعضی دیگر می‌میرند و پایمال می‌گردند» (خطبه۵۴) و در جای دیگر می‌فرماید«روز بیعت، فراوانی مردم چون یال‌های پشت کفتار بود. از هر طرف مرا احاطه کردند تا آنکه نزدیک بود حسن و حسین (ع) لگدمال گردند و ردای من از دو‌طرف پاره شد. مردم چون گله‌های انبوه گوسفند مرا در میان گرفتند…. اگر حضور فراوان بیعت‌کنندگان نبود و یاران حجت را بر من تمام نمی‌کردند و اگر خداوند از علما عهد و پیمان نگرفته بود که در برابر شکم‌بارگی ستمگران و گرسنگی مظلومان سکوت نکنند، مهار شتر خلافت را بر کوهان آن انداخته رهایش می‌ساختم» (همان، خطبه ٣) از این رفتار امام چنین استفاده می شود که کارآمدی نظام اسلامی حتی در صورت قرار گرفتن معصوم در رإس آن حکومت و نظام, تنها با مشروعیت الهی تحقق نمی‌یابد و محتاج مقبولیت مردمی نیز هست. حتی امام در مواردی به بیعت مردم با خویش به‌عنوان مبنای استدلال و برهان در مقابل مخالفان استناد کرده‌اند و در اولین نامه ای که به معاویه نوشته، آمده است: مردمی که با ابوبکر و عثمان بیعت کردند، به همان شکل نیز با من بیعت کرده‌اند. (نامه۶) یعنی اگر دلیل مشروعیت خلافت آنها رای مردم بوده است در مورد حکومت من هم چنین مبنایی وجود دارد و مخالفت با آن مخالفت با رای مردم است. در این سخن نکته‌هاست برای آنان که حکومت را بدون مردم و خواست و اراده و حمایت ایشان مشروع و محکم و استوار می‌انگارند و برای خواست مردم-در نظر و عمل- محلی از اعراب قائل نیستند اگر کمی بیندیشند.